Si estamos teniendo problemas con Gnome podemos reinstalarlo usando el siguiente comando:
sudo apt-get install --reinstall gnome-shell
Una vez tengamos reinstalado el entorno de gnome puede ser necesario tener que reinstalar ciertas aplicaciones como nautilus o alguna otra, el comando es el mismo pero con la aplicación que queramos reinstalar
sudo apt-get install --reinstall nautilus
Debian | Gnome